O órgão histórico de Santa Marinha do Zêzere foi construído em 1793 na oficina do mestre organeiro Jozé Antonio de Souza. Da sua produção constam pelo menos 13 órgãos construídos para relevantes instituições eclesiásticas do Norte de Portugal entre os anos de 1774-1795: Convento do Carmo de Viana do Castelo, Convento dos Carmelitas do Porto, Colegiada de Guimarães, Misericórdia de Caminha, Misericórdia de Ponte da Barca, entre outros. O órgão de Santa Marinha atesta a dinâmica religiosa e sociocultural desta freguesia duriense.
Os órgãos de tubos eram os instrumentos mais caros, que só as paróquias mais ricas ou os mosteiros podiam possuir. Também não era qualquer músico que tocava esse instrumento, que requer formação exigente. O órgão concedia estatuto social elevado à freguesia. Em 1834 houve um corte com esta tradição: o Liberalismo retirou os privilégios da Igreja; no final desse século a tradição dos órgãos desapareceu em Portugal.
O sistema sonoro do órgão de Santa Marinha é formado por 792 tubos construídos em diferentes formatos, tamanhos e materiais, produzindo assim 20 diferentes sonoridades (meios-registos): Violão, Flautados, Tapado, Voz Humana Armonica, Flauta Doce, Flautim, Clarão, Corneta Real, Cimbalas, Baixonzilho, Clarim, entre outros. Os 25 tubos do Violão são feitos em madeira de castanho. Os tubos restantes são metálicos, em liga de estanho e chumbo. Os 51 tubos do Baixãozilho e do Clarim são trombetas “armadas em artilharia”, dispostas horizontalmente em leques na frontaria da caixa.
O sistema de transmissão do órgão de Santa Marinha é dotado de teclado de 51 notas, com teclas capeadas com madeira de buxo. As 20 sonoridades são accionadas por manúbrios, dispostos de cada lado da consola onde o organista toca. O vento (ar sob pressão) que faz soar os tubos é insuflado por 3 foles, instalados num compartimento traseiro ao órgão. Os foles eram antigamente operados por trabalhadores chamados foleiros. No restauro foi instalado um ventilador para insuflar os foles, substituindo assim o trabalho dos foleiros.
O aspecto externo do órgão é a caixa que aloja a complexa máquina do instrumento. A caixa do órgão de Santa Marinha apresenta o estilo neoclássico inicial, bastante recente na época (1793). A talha apresenta fundo branco com pormenores realçados em dourado, como os perímetros das almofadas, as gelosias que rematam os conjuntos de tubos, e o coroamento flanqueado por palmas, evocativas da Padroeira Mártir Santa Marinha, pois simbolizam a glória do martírio.
O frontispício é tripartido, agrupando os tubos em 3 segmentos separados por pilastras. O conjunto central, designado historicamente castelo, apresenta os tubos dispostos em mitra (tendo o mais alto no centro) e perfil em meia-cana (semicircular). Os conjuntos laterais apresentam os tubos dispostos em harpa (diminuindo ou aumentado em altura) e perfil plano. Na base encontram-se as trombetas armadas em artilharia (horizontais).
O balcão ou coreto apresenta perfil rectilíneo, com secção central convexa, guarda bastante vazada para permitir a passagem do som para a nave da igreja. A nível decorativo destacam-se as belas pilastras almofadadas, ornadas com por folhagem, e os remates inferior com acrotérios. O balcão do órgão de Santa Marinha é pronunciadamente largo e fundo, reservando espaço para cantores e outros instrumentos que tocariam em conjunto com o órgão.
A empreitada de requalificação da igreja matriz, classificada Monumento de Interesse Público, incluiu o restauro do antigo órgão, que se encontrava mudo há cerca de 100 anos. O restauro do órgão decorreu entre 2023-2024 na Oficina e Escola de Organaria (Esmoriz), sob direcção do mestre organeiro Pedro Guimarães von Rohden. O estudo prévio, caderno de encargos e fiscalização da intervenção esteve a cargo do organista e musicólogo Nuno Mimoso. As sonoridades centenárias do órgão estão agora prontas para serem redescobertas pelos Zezerenses e por todos aqueles que visitarem a Freguesia de Santa Marinha do Zêzere.